Bonjour Florence,
Oui tu peux utiliser superindep pour recevoir toutes les dépenses associés à ton SIREN si tu veux.

Sinon il faut savoir que tu peux avoir plusieurs PA, a condition d'avoir des adresses de facturation différente.
Donc par exemple tu pourrais demander à ton comptable en LMNP de t'activer la e-facturation pour ta LMNP en utilisant une adresse qui soit le SIRET de ta LMNP, ou une adresse du type SIREN_lmnp

A dispo si ce n'est pas clair.