Par défaut, on est en "franchise en base" en tant que Micro-Entrepreneur, mais cela ne reste valable que si on ne dépasse pas des seuils de CA annuel (NB: CA toujours en HT). Il y a 2 seuils : un seuil de franchise et un seuil majoré (aussi appelé "seuil de tolérance"). A noter qu'on doit tenir compte uniquement du CA encaissé pour évaluer les seuils (i.e on ignore les factures éditées/envoyées mais pas encore payées), cela peut changer les choses quand on a des délais de paiement.

Les cas sont un peu compliqués pour savoir quand on doit commencer à facturer la TVA :

• Si on dépasse le seuil majoré, il faut facturer la TVA à partir du 1er du mois où le CA encaissé dépasse ce seuil. ATTENTION: il est préférable d'anticiper le dépassement, car si on fait une facture sans TVA le 5 du mois et qu'on dépasse le seuil le 20 du mois, on doit alors refaire la facture du 5 car la TVA doit être facturée dès le 1er du mois. Mieux vaut activer la TVA un mois plus tôt.
• La première année d'activité, si on dépasse le seuil de franchise au prorata annuel (sans dépasser le seuil majoré), on doit facturer la TVA dès le 1er janvier suivant
• Après la première année, si on dépasse le seuil de franchise 2 années consécutives (années N et N+1, sans dépasser le seuil majoré), on doit facturer la TVA le 1er janvier de l'année suivante (N+2).

Article assez détaillé sur les déclarations de TVA